-
Humanitaarteaduste ja kunstide valdkondHumanitaarteaduste ja kunstide valdkonna dekanaatJakobi 2, r 116-121 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Ajaloo ja arheoloogia instituutJakobi 2 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Eesti ja üldkeeleteaduse instituutJakobi 2, IV korrus 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Filosoofia ja semiootika instituutJakobi 2, III korrus, ruumid 302-337 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kultuuriteaduste instituutÜlikooli 16 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Maailma keelte ja kultuuride instituutLossi 3 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0UsuteaduskondÜlikooli 18 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Viljandi kultuuriakadeemiaPosti 1 71004 Viljandi linn, Viljandimaa EST0Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna emeriitprofessorid0Humanitaarteaduste ja kunstide valdkonna emeriitdotsendid0Sotsiaalteaduste valdkondSotsiaalteaduste valdkonna dekanaatLossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Haridusteaduste instituutJakobi 5 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Johan Skytte poliitikauuringute instituutLossi 36, ruum 301 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0MajandusteaduskondNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Psühholoogia instituutNäituse 2 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0ÕigusteaduskondNäituse 20 - 324 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Ühiskonnateaduste instituutLossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Narva kolledžRaekoja plats 2 20307 Narva linn, Ida-Virumaa EST0Pärnu kolledžRingi 35 80012 Pärnu linn, Pärnu linn, Pärnumaa EST0Sotsiaalteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Sotsiaalteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Meditsiiniteaduste valdkondMeditsiiniteaduste valdkonna dekanaatRavila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTBio- ja siirdemeditsiini instituutBiomeedikum, Ravila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTFarmaatsia instituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTHambaarstiteaduse instituutL. Puusepa 1a 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTKliinilise meditsiini instituutL. Puusepa 8 50406 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTPeremeditsiini ja rahvatervishoiu instituutRavila 19 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTSporditeaduste ja füsioteraapia instituutUjula 4 51008 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMeditsiiniteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Meditsiiniteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Loodus- ja täppisteaduste valdkondLoodus- ja täppisteaduste valdkonna dekanaatVanemuise 46 - 208 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTArvutiteaduse instituutNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTGenoomika instituutRiia 23b/2 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTEesti mereinstituutMäealuse 14 12618 Tallinn, Harjumaa EST0Füüsika instituutKeemia instituutRavila 14a 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTMatemaatika ja statistika instituutNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Molekulaar- ja rakubioloogia instituutRiia 23, 23b - 134 51010 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTTartu observatooriumObservatooriumi 1 61602 Tõravere alevik, Nõo vald, Tartumaa EST0TehnoloogiainstituutNooruse 1 50411 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÖkoloogia ja maateaduste instituutJ. Liivi tn 2 50409 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTLoodus- ja täppisteaduste valdkonna emeriitprofessorid0Loodus- ja täppisteaduste valdkonna emeriitdotsendid0Akadeemilise sekretäri tegevusvaldkondPersonaliosakondUppsala 6, Lossi 36 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Finantsjuhi tegevusvaldkondRahandusosakondJakobi 4 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kantsleri tegevusvaldkondInfotehnoloogia osakondUppsala 10 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0KantseleiÜlikooli 17 (III korrus) 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Kinnisvaraosakond0Turundus- ja kommunikatsiooniosakondÜlikooli 18, ruumid 102, 104, 209, 210 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Rektori tegevusvaldkondRektoraadi bürooÜlikooli 18 50090 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTSiseauditi bürooÕppeprorektori tegevusvaldkondÕppeosakondTeaduskoolUppsala 10 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTÜliõpilaskonna bürooÜlikooli 18b 51005 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Õppimis- ja õpetamiskeskusLossi 36-401 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTTeadusprorektori tegevusvaldkondRaamatukoguW. Struve 1 50091 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTGrandikeskusRaekoja plats 9, III korrus 51004 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa ESTArendusprorektori tegevusvaldkondEttevõtlus- ja innovatsioonikeskusNarva mnt 18 51009 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Loodusmuuseum ja botaanikaaedVanemuise 46 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0Rahvusvahelise koostöö ja protokolli osakond0MuuseumLossi 25 51003 Tartu linn, Tartu linn, Tartumaa EST0
Elena Sügise doktoritöö kaitsmine
26. juunil kell 14:15 kaitseb Elena Sügis oma doktoritööd teemal „Mitmekesiste bioloogiliste andmete ühendamine ja analüüs“ filosoofiadoktori kraadi saamiseks (informaatikas). Kaitsmine toimub J.Liivi 2-405.
Elena Sügise töö juhendajad on professor Jaak Vilo (TÜ arvutiteaduse instituut) ja vanemteadur Hedi Peterson (TÜ arvutiteaduse instituut). Oponeerivad professor Laura Elo (Turu Ülikool, Soome) ja professor Ewa Szczurek (Varssavi Ülikool, Poola).
Doktoritöö kokkuvõte:
Tänu tehnoloogiate arengule on bioloogiliste andmete maht viimastel aastatel mitmekordistunud. Need andmed katavad erinevaid bioloogia valdkondi. Piirdudes vaid ühe andmestikuga saab bioloogilisi protsesse või haigusi uurida vaid ühest aspektist korraga. Seetõttu on tekkinud üha suurem vajadus masinõppe meetodite järele, mis aitavad kombineerida eri valdkondade andmeid et uurida bioloogilisi protsesse tervikuna. Lisaks on nõudlus usaldusväärsete haigusspetsiifiliste andmestike kogude järele, mis võimaldaks vastavaid analüüse efektiivsemalt läbi viia. Käesolev väitekiri kirjeldab, kuidas rakendada masinõppel põhinevaid integratsiooni meetodeid erinevate bioloogiliste küsimuste uurimiseks. Me näitame kuidas integreeritud andmetel põhinev analüüs võimaldab paremini aru saada bioloogilistes protsessidest kolmesvaldkonnas: Alzheimeri tõbi, toksikoloogia ja immunoloogia. Alzheimeri tõbi on vanusega seotud neurodegeneratiivne haigus millel puudub efektiivne ravi. Väitekirjas näitame, kuidas integreerida erinevaid Alzheimeri tõve spetsiifilisi andmestikke, et moodustada heterogeenne graafil põhinev Alzheimeri spetsiifiline andmestik HENA. Seejärel demonstreerime süvaõppe meetodi, graafi konvolutsioonilise tehisnärvivõrgu, rakendamist HENA-le, et leida potentsiaalseid haigusega seotuid geene. Teiseks uurisime kroonilist immuunpõletikulist haigust psoriaasi. Selleks kombineerisime patsientide verest ja nahast pärinevad laboratoorsed mõõtmised kliinilise infoga ning integreerisime vastavad analüüside tulemused tuginedes valdkonnaspetsiifilistel teadmistel. Töö viimane osa keskendub toksilisuse testimise strateegiate edasiarendusele. Toksilisuse testimine on protsess, mille käigus hinnatakse, kas uuritavatel kemikaalidel esineb organismile kahjulikke toimeid. See on vajalik näiteks ravimite ohutuse hindamisel. Töös me tuvastasime sarnase toimemehhanismiga toksiliste ühendite rühmad. Lisaks arendasime klassifikatsiooni mudeli, mis võimaldab hinnata uute ühendite toksilisust.