Kaitsmisele tuleb Kaido Lepiku doktoritöö

4. mail kell 14.15 kaitseb Kaido Lepik informaatika erialal doktoritööd „Inferring causality between transcriptome and complex traits“ („Haiguspõhjuslike geenide tuvastamine statistiliste meetoditega“). Kaitsmine toimub Zoomis.

Juhendajad:
kaasprof Hedi Peterson, Tartu Ülikool
prof Jaak Vilo, Tartu Ülikool

Oponendid:
prof Jack Bowden, Exeteri Ülikool (Inglismaa)
prof Samuli Ripatti, Helsingi Ülikool (Soome)

Kokkuvõte
„Muna ja kana” dilemma bioinformaatikas – kas geenid põhjustavad haigusi või tingivad haigused muutusi geenide töös?

Põhjus või tagajärg?

Geenimuutused – haiguse põhjustaja või hoopis tagajärg?

Haiguste mõistmiseks ja ravimiseks on keskseks eelduseks põhjuslike, haigusprotsessides osalevate geenide väljaselgitamine – selliste geenide poolt kodeeritud valkude tööd saab ravimite abil haigustele pärssivalt ümber korraldada. Põhjuslike seoste leidmisel on peamiseks standardiks laboratoorsed katsed ja kontrollgrupiga kliinilised uuringud, kuid nende läbiviimine on kulukas ja aeganõudev. Käesolevas doktoritöös näitame, et haigusi ja teisi kompleksseid fenotüübilisi tunnuseid põhjuslikult mõjutavaid geene saab märksa efektiivsemalt tuvastada statistiliste meetoditega.

Geneetikas on põhjuslik analüüs alles hiljuti hoo sisse saanud seoses rahvuslike biopankade poolt kogutud suurte andmemahtude rakendamisega. Valdkond on uudne ja suure potentsiaaliga, mistõttu on vastav matemaatiline teooria alles kujunemisjärgus ja kiiresti arenev. Pühendame doktoritöös märkimisväärset tähelepanu nii selle teooria süstemaatilisele esitusele kui ka praktilistele edasiarendustele.

Põhjusliku statistilise analüüsi alusprintsiipe rakendades töötame välja metoodika põhjuslike geenide tuvastamiseks väikestest valimitest (n ≈ 500), informeerides põletikumarkeri C-reaktiivse valgu funktsiooni immuunvastuses. Domeeniteadmistele tuginedes loome põhjuslike mudelite eelduste suhtes robustse algoritmi, mis võimaldab mistahes haiguse või komplekstunnuse toimemehhanismides olulist rolli omavaid geene avastada hüpoteesivabalt üle terve genoomi. Süvitsi vaatleme ühes haigustega seotud genoomipiirkonnas (16p11.2) leiduvate geenide mõju reproduktiivtervisele, osutades just funktsionaalselt olulistele geenidele. Personaalmeditsiini arenguid silmas pidades uurime ka põhjuslike geenide sõltuvust soost. Samuti hüpotiseerime, kas populaarsed assotsiatsiooniuuringud geenide ja haiguste vahel tuvastavad põhjuslikke geene, haigustest tingitud muutusi geeniekspressioonis või pelgalt juhuslikku müra. Peamised teadustöö tulemused verifitseerime laboris katseliselt